私も同じような症状になることが良くあります。お腹に物が溜まると急に走るペースがダウンするのが良く分かります。10km走るのに2回ピットインすることもしばしばです。多少善後策ですが、思いつくままに書いてみます。
・長距離走るときは必ずウェストポーチをして、小銭を入れる。お腹を下したときにコンビニに駆け込めるようにする。
・走る前に必ず水を１杯飲む。それ以上はなるべく飲まないようにする。もちろん、走っている途中で水分補給は欠かさないようにしましょう。
・お腹を下したときに、走る直前から前日までに食べたものを思い出す。走る時と相性が悪いものをできるだけ把握するようにする。実は、私も相性の悪い食べ物があります。そのたべものは、大好きなのですが。
・レース前は必ずお腹のものを出す。たとえでなくても出す、という心構えでいる。大会当日移動の電車の中で用を足せるのであれば、躊躇無く出す。スタート直前になって出なくても、ぎりぎりまでトイレの前にいる。私自身も、スタート20分前に出したことがあります。出したときの安堵感からか、走りそのものは良かったと思います。

最後はちょっと、？？？な回答でしたが、とても大切なことです。私自身10kmのレースで2回トイレに駆け込んだことがあって、非常に悔しい思いをしました。少しでもご参考になればと思ってます。

　 　 　

毎日であれば、もよおさなくてもとりあえず走る前にトイレに行く。
走り始めてもようおしてくるのであれば、コースの近くにコンビニがないか確認をして、
コンビニをトレーニングコースにするというのでどうでしょうか？

　 　 　

１）走る前にきっちり出すこと（もちろん大）
２）走るという動作は腸を揺らすので揺らさないようにする（上下動を小さくする）
３）腸が揺れても大丈夫なように繰り返しトレーニングする
４）腹筋を鍛えて上下動しても、体の保持（腸自体を揺らさないようにする）を良くする

　 　 　

大会ですと、「記録でるだろうか」「完走できるだろうか」「走れるだろうか」と緊張で吐き気や下痢することがありますけど、
　　　　　　　普段の練習ですよね。

食物繊維とり過ぎではないですか？
　野菜系とったあと練習ジョギングするとオナラがとまらなかったりします。

　 　 　

実は私も同じ内容の質問を送ろうかどうかしようか悩んでいたところです。
出来れば、基本「出せるものは出しておくに限る！！」の一言に尽きます。
私はレースの前日夜に、腸のマッサージを行います。時計回りで、臍下の腸のあたり（人体模型図では腸は横長長方形に巻いてますので、これをイメージ）を、両手を重ねて少し押さえる感じで１辺４秒程度の速さで１分ほど。結構な確率で朝ちゃんと出ます。
でも・・・・出してても下っちゃうと意味ないんですよね・・・どうしましょう？あれ、回答になってませんでしたね。

　 　 　

走る事で腸の活動が活発になる事は確かですがメンタル的な部分もあります。
私も５キロ程走ると同じ様な状態になる事が多いのでジョギングのコースに
必ず５キロ先にはトイレが有る様に、その後１キロ毎にトイレが有るように
コースを設定して不安が無いようにしています。
レースの場合はスタート前に腹の具合が悪くてもレース中には不思議と具合
が悪くなった事は一度も有りません。

　 　 　

私も、走り出すと、腸が活発になるせいか、便意をもよおしたり、ガスがたまったりします。周りには、「私は大丈夫」という人もいるので、体質的なものかもしれませんが、自分のことを考えるに、極めて普通のことと考えます。逆に走ったら、便意をもよおすことを前提に考えた方がよいと思います。

練習のときは、トイレのある場所をチェックして、もし途中で便意をもよおしても、済ませられる場所があるというのが安心です。荒川や多摩川などの大きな河川のサイクリングロードが整備されているところでは、公衆トイレがあります。道路を走る場合は、公園やコンビニの便所をチェックしておくのが良いでしょう。

また、レースのときはレース前に出し切るのが鉄則だと思います。出し切る方法は、下記のようにします。

走り出すと腸が活発になるというのを逆手にとって、レース前にアップを充分します。走ると便意が来るということは、アップすることで確実に便意がくるはず。そうすれば、レース前にきちんと用を足して、レースには安心してのぞめるようになります。

私は、だいたいこの方法でうまくいっています。朝の早い大会などは、アップの準備が充分できないことが多いため、余裕をもって早く起きたいですね。